新乡国家级自然保护区综合服务中心设置5个科室：办公室、资源保护科、监测救护科、科研宣教科、规划建设科。

　　办公室：组织开展党建、精神文明建设、综合治理等活动；负责中心文秘、人事、财务、考核、后勤保障等事务。

　　资源保护科：组织或配合有关部门对保护地内的自然资源进行调查并建立档案；对破坏自然资源及环境的行为进行检查、建档，并报告林业主管部门；配合主管部门做好自然保护区、森林公园等自然保护地的野生动植物保护和利用、森林防火和病虫害防治工作。

　　监测救护科：组织或自行开展保护地动植物分布及活动、环境质量、野生动物疫情疫病等监测工作；负责野生动物救护。

　　科研宣教科：组织或协助有关部门开展科学研究；制定人员培训计划并组织实施；组织开展科普、宣传教育。

　　规划建设科：负责河南新乡黄河湿地鸟类国家级自然保护区、河南省太行山猕猴国家级自然保护区、新乡市凤凰山森林公园以及新乡市范围内其他自然保护地的申报、规划设计、建设管理；对涉及保护地的建设项目（生态旅游等）组织或进行技术评估、咨询指导服务。