管理处内部机构设置6个科室：办公室、科研管理科、巡护管理科、生态旅游发展科（拟新增）、社区管理科（拟新增）、科普宣教科（拟新增）。各科室主要职责如下：
　　——行政办公室主要负责人秘、档案、财务、基本建设、物资供应、车辆管理、接待及协调其它各部门之间的工作，是保护区各项工作正常开展的后勤保障。
　　——科研管理科主要负责保护区科研项目管理、资源管护和监测，制定监测计划并实施生物多样性调查和监测，收集科研信息，建立科研档案等。
　　——巡护管理科主要负责保护区的日常巡护工作，包括制止和查处违法破坏行为等。
　　——社区管理科主要负责社区共管工作，包括建立社区共管委员会，与地方社区沟通协调等工作。
　　——生态旅游发展科主要负责保护区生态旅游工作。
　　——科普宣教科主要负责保护区宣传教育、科学普及、培训等工作，包括标本的制作与管理等。